税務調査、コロナ禍でやはり件数は減少しているらしいですが、それでも相手先に意向を聞いたうえで（と言っても断れないですが・・・）調査は行われています。特に利益が出ていて、ここ十数年調査に来られていなければ、確率は高くなるでしょう。
建設業の場合だと、一般的な任意調査では、売上の計上漏れがないか、仕入や経費の過大計上が無いか、減価償却資産の適正な計上かどうかなど、基本的な流れと思います。注意すべきなのは、棚卸、未成工事支出金（仕掛工事）です。未成工事支出金とは、決算期末時点で未完成の工事で、それまでに支出した原材料、外注費、賃金などの経費は、いったん棚卸資産として資産に計上されることになる勘定科目です。工事が完成し引き渡して売上を計上したときに初めて工事原価として費用計上できるのです。
意図的な売上計上漏れや社長の私的経費の経費計上など、悪質な経理処理があるような会社ですと、当然にそこが重点的に調査対象になります。
一方で優良な経理をしている企業であっても、実際の調査では、決算期直前の原材料の請求書と、棚卸の明細、総勘定元帳で売上の明細を細かくチェックします。
具体的には決算期末での仕掛工事の一覧と、直近に仕入をした材料の請求書等からその現場に対する材料費がきちんと未成工事支出金に計上されているか、日報や工事台帳などからその現場での人件費や外注費が計上されているか、1件1件確認作業をするようです。
対策とすれば、やはり工事台帳を作成することが重要と思われます。見積り、請求まで対応できるソフトもあるようです。
そこで工事の着工日や完成引渡日、投入する材料等の原価など、できれば記入して準備しておくことが、調査の際もいらぬ嫌疑をかけられなくて済みます。
合わせて、人工の従事日報などもそろえておくのが得策です。